在一千年前，人类和恶灵互相战斗著。人类藉著圣兽的帮忙，远古的百兽战士大神月磨击败了欧陆克的领袖，而且封印了他。现在，欧陆克开始复苏，五个年轻人被圣兽认定。他们一定要放弃他们的现在生命而变成新一代的牙吠连者保护地球的和平。

长相可爱个性爽朗的狮堂光（椎名碧流 配音）、心思细腻温柔高贵的大小姐龙崎海（吉田古奈美 配音）、智勇双全成熟稳重的凤凰寺风（笠原弘子 配音），命运让这三名个性迥异的女孩相遇了，她们被选中成为了魔法骑士，前往濒临崩溃的锡菲罗，拯救那里的居民于水火之中。                                                                      　　支撑着锡菲罗的支柱是名叫艾美诺（绪方惠美 配音）的公主，她为了这个城市而生，为了这个城市而活，通过虔诚的祈祷，艾美诺保佑着锡菲罗。然而，艾美诺却爱上了她的神官谢加图（小杉十郎太 配音），因此而无法集中精神祈祷，锡菲罗因此而遇到了前所未有的危机，解决危机的方法只有一个，那就是杀掉艾美诺。

"　　魔界树篇                                                                      　　自和黑暗帝国一战后，本应已死的月野兔、水野亚美、火野丽、木野真琴、爱野美奈子和地场卫，在银水晶的帮助下复活，不过他们已经丧失过去作战时的记忆，重新开始平凡的生活。某夜，神秘的大洞出现在十番街，外星人岩和安带着魔界树来到地球，并以兄妹银河星十郎、银河夏美的身份入读十番中学。岩和安的生命之源魔界树正日渐枯萎，他们于是派手下卡魔人四处收集能量。岩和安本是情侣，但却分别爱上小兔和阿卫，使四人的关系变得复杂。因为卡魔人的出现，小兔首先被露娜唤醒记忆，再次成为爱与正义的战士，保卫地球。小兔不想让其它人再度作战，努力想靠自己一人之力战斗。一次亚美等人受袭，阿兔被卡魔人卷起，露娜被逼得恢复了四战士的记忆，于是美少女战士再度集合，为爱与正义而战。虽然水手服战士的记忆是回复了，但阿卫仍未回复记忆，小兔于是出尽方法令阿卫记起她。现在战斗时已没有了夜礼服假面的帮忙，却出现了一个神秘人月影骑士，也经常帮助水手服战士。小兔的胸针被卡魔人打碎后，又把银水晶镶进去，获得了更强的月水晶威力。魔界树快要枯死了，安发现它对小兔的能量有反应，于是命卡魔人把小兔捉住，献给魔界树，使它吸收小兔的能量。小卫巧合地和小兔同被魔界树捉住，魔界树吸收他们的能量后，开始急速膨胀，它的树枝把整幢大厦包围了，四位战士也来到，要救小兔和阿卫。小兔和阿卫互相关心对方，岩和安妒忌他们的亲密，攻击二人……                                                                      　　黑月帝国篇                                                                      　　神秘少女小小兔从天而降，并用魔法使月野一家相信她是小兔的表妹，从此寄住月野家。小卫突然要和小兔分手，小兔大为紧张，用尽方法只想再和小卫在一起。小小兔的目的原来是要找寻银水晶，救她的妈妈。她同时又被神秘的黑月帝国一族追杀，她每次被逼到无路可逃时，都会发出强大的能量，战士们于是能够朝能量发出的方向去救她。五位战士再度掌握新必杀技，对抗敌人。敌人中的魔界四姐妹，分别也拥有和四战士相似的力量，常常和战士们激战。四姐妹开始对黑月帝国的做事方法产生疑惑，加上她们的上司宇伯鲁斯对待她们的残酷手段，终于令她们改邪归正，在战士们的帮助下，重获新生。神秘新战士水手冥王星登场，使战士们对小小兔有更深的认识。经过一番波折，阿卫终于摆脱心魔，再度和小兔在一起。输送黑暗能量的暗黑之门完成，小小兔也带着众战士穿越时空，到达未来的水晶东京。在那里，战士们知道了黑月帝国的野心，也得知小小兔的真正身份 -- 小兔和阿卫的女儿。小小兔独自走出水晶宫殿，被黑月帝国的瓦斯曼迷惑，错信父母和其它战士都不爱她，于是接受黑暗能量，变成黑暗淑女。黑月帝国狄曼特王子和沙菲尔王子被瓦斯曼杀死，瓦斯曼的野心完全暴露出来。在瓦斯曼的迷惑和战士们的真爱下，小小兔的思绪开始极度混乱，瓦斯曼见她动摇，把她和小兔、阿卫用黑暗力量包围起来，三人处境危险，小兔仍然想方法令小小兔醒悟.小兔和阿卫用自己全部的力量不惜生命要唤醒小小兔，小小兔最终回忆起大家的好，恢复了原样，并决定为这个世界和未来的世界尽自己的努力。最终两个兔子用现在和未来的两颗银水晶打败瓦斯曼拯救了地球。最终世界和平，小小兔也回到了恢复正常的未来世界。"

星川博士从事研究绿之星时受到银帝军的袭击，生死未卜，而机械人G6负责将博士的5位子女带回地球。20年后，银帝军已攻占999个星球，继而转攻地球。当年的5位兄弟姐妹肩负起起守护地球的责任，组成＂地球战队＂。他们5人平时的身份是一所小学的老师。

一晃眼，上一次的“黄昏事件”已经过去四年了，风平浪静许久的The World中再度发生了似曾相识的神秘事件。秀悟（皆川纯子 配音）想都没想就进入了游戏之中，而玲奈（中原麻衣 配音）亦尾随其后，一同和他们进入游戏的，还有米蕾尤（松冈由贵 配音）。                                                                      　　不了解这个世界的规则的秀悟很快就吃了瘪，在他和玲奈的面前，竟然出现了罕见的强大怪物铠战将军，而秀悟更是因此game over，就在秀悟弥留之际，一个神秘少女出现在了他的眼前，用一个吻使得秀悟死而复生，复生后的秀悟成为了黄金腕轮的继承者。随着时间的推移，众人发现游戏中的世界似乎遭到了某种侵蚀和破坏，黑暗里，一个阴谋正在缓慢酝酿之中。