在山海奇境的故事中，阿凉通过祠堂的神秘画卷结识魔法王妃，领悟了魔法凉帽的精神。在海底帮助小动物时，发现珊瑚秘境里有人类在山中生活的遗迹。与此同时，魔法王妃给阿凉预示，海洋即将遭遇危机。黑商利用海灵珠，操控海灵掠夺各种奇珍异宝，导致海灵失控灾难频发，海底世界一片破败，凤凰山秘境也动荡不安。在魔法王妃指引下，阿凉在秘境森林里发现了海洋文明的遗迹，明白了山海相连、自然平衡的秘密。阿凉秉承魔法王妃的精神，凭借勇气和智慧归位海灵珠，成功阻止灾难发生，凤凰山和海底恢复生机。
故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen 和 Frank meijubar.net Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
